De verheffing van de zogenaamde Boheemse Massa begon 17-18 miljoen jaar geleden in het Tertiair. Aan het einde van het Tertiair, ongeveer 3 miljoen jaar geleden, vond de Donau zijn huidige bedding en volgde een tektonische breuk, d.w.z. een breukrand. Tijdens de ijstijd, d.w.z. het Pleistoceen, steeg het Boheemse Massief weer op en tegelijkertijd kon de Donau zich aanzienlijk verdiepen langs de genoemde breuk. Het hoefde dus niet te zoeken naar een nieuwe bedding rond de zuidelijke uitlopers van de Beierse en Sauwaldse heuvels.
De Donau, waarschijnlijk de interessantste en waarschijnlijk mooiste rivier van Europa, stroomt uit de beken Brigach en Breg, die hun oorsprong vinden in het Zwarte Woud op meer dan 1000 m boven de zeespiegel. In Passau vormen de Herberg, die rijker is aan water, en de Donau samen een machtige rivier. Toch heet de rivier naar de Donau.
De Donau bleef in zijn oerstaat tot de 19e eeuw onaangeroerd. Een wirwar van hoofd- en zijarmen, dood water en eilanden heeft zijn bekkenlandschappen gevormd. De “eerste Donau-regeling” van 1830 tot 1880 creëerde een uniforme vaargeul, sloot de alluviale wateren voor een groot deel af van de hoofdrivier en veranderde zo de waterhuishouding en het landschap in het stroomgebied van het Donaudal aanzienlijk. De redenen voor de regelgeving voor de Donau (elektriciteitscentrales, …) waren bescherming tegen overstromingen en veilige scheepvaart. Daarnaast zorgde de uitdieping van de rivierbedding ervoor dat het grondwaterpeil daalde, wat in eerste instantie vrij positief was voor de teelt van de akkers.