Zrušení tzv. České mše začalo před 17-18 miliony let v terciéru. Na konci třetihor, asi před 3 miliony let, Dunaj našel své současné lože a následoval tektonickou poruchu. Během doby ledové, tj. Pleistocénu, se české masy opět zvedly a současně se Dunaj mohl prohloubit podél zmíněné hrany. Nemusela tedy hledat nové lůžko mimo jižní podhůří Bavorska a Sauwaldu.
Dunaj, jako pravděpodobně nejzajímavější a pravděpodobně nejkrásnější řeka v Evropě, teče z potoků Brigach a Breg, které v Černém lese stoupají ve více než 1000 m nad mořem. V Pasově se Inn a Dunaj bohatý na vodu spojí a vytvoří mohutnou řeku. Řeka se potom nazývá Dunaj.
Dunaj zůstal nedotčen až do 19. století. Jeho pánve tvořilo bludiště hlavních a sekundárních zbraní, mrtvé vody a ostrovů. „První dunajská regulace“ z let 1830 až 1880 vytvořila jednotný navigační kanál, odřízla povodňové vody z velké části od hlavního proudu, a tak významně změnila vodní bilanci a krajinu v povodí krajin údolí Dunaje. Důvody pro dunajské předpisy (elektrárny, …) byly protipovodňová ochrana a bezpečná přeprava. Deprese koryta řeky navíc způsobila pokles hladiny podzemní vody, což bylo pro pěstování polí docela pozitivní.